이 연구는 날로 심각해지는 대기오염을 저감시키고, 기후변화협약 등과 같은 국제적인 대기오염방지 노력에 부응할 수 있는 환경 및 에너지 관련 행정조직 개편의 방안을 모색하고자 하였다. 즉 OECD 선진국을 중심으로 이미 진행되고 있는 에너지－환경 정책의 통합추세에 발맞추어 한국에서도 효과적인 에너지－환경 정책의 통합 당위성과 그 논리적 근거를 확보하고, 그에 따른 전문조직체제를 확립하여, 대기오염 방지는 물론 지구온난화 방지, 친환경적 에너지소비를 달성할 수 있는 정책수행 조직을 구상하고자 하였다.환경정책과 에너지정책이 통합되어야 할 배경요인으로는 ① 중질유에 대한 저유가 정책의 근본적 수정 필요성, ② 환경부의 독자적 대기오염저감 규제의 한계, ③ OECD의 환경-에너지 정책 통합권고, ④ 국제환경협약에 대한 체계적 대응 필요, ⑤ 총량규제와 에너지정책과의 연계 필요, ⑥ 에너지정책 부서의 포획방지, ⑦ 대기오염물질과 온실가스 통합관리의 필요성을 제시하였다. 또한 한국의 환경-에너지 부서의 분리현황과 그에 대한 평가를 시도하였으며, 대기오염저감을 위한 부처간 합의기준을 도출하였다. 조직개편 논의의 전 단계로서 환경-에너지 정책업무의 통합이 필요하다는 판단하에 통합대상업무와 통합기준에 대한 고찰을 하였다. 통합대상업무로는 환경부의 대기보전국, 국제협력실의 업무, 산업자원부의 자원정책실의 일부 업무가 지적되었다. 업무통합기준으로는 ① 대기오염저감을 위한 에너지수급 및 가격조정이 가능할 것, ② 환경부의 독자적 대기오염저감의 한계를 극복할 수 있을 것, ③ OECD 요청에 효과적으로 대처할 수 있을 것, ④ 화석에너지 소비총량저감을 실현시킬 수 있을 것, ⑤ 에너지소비 절약 실현을 가능하게 할 것, ⑥ 청정연료 사용 및 청정기술 개발을 실질적으로 촉진할 수 있을 것, ⑦ 사전예방규제가 가능할 것, ⑧ 사후규제의 추진이 가능할 것, ⑨ 고유업무와의 일치도, 사무의 중요성과 연계성, 행정인프라 구축수준이 유리한 곳으로 통합할 것, ⑩ 에너지-환경관련 정책조정이 가능할 것을 제시하였다. 대기에너지청을 어느 부서에－환경부 혹은 산업자원부－ 두는 것이 바람직한가를 결정할 수 있는 기준으로는 10개의 check-lists를 설정하였다. 이에 더하여 대기에너지청의 이관에 따른 예상 문제점과 기대효과를 환경부의 경우와 산업자원부의 경우로 나누어 서술하였다.