판례는 부동산의 매수인이 「매도인으로부터 매매목적물을 인도받아 용익하고 있는 경우」 및 「그 인도받은 매매목적물을 제3자에게 처분․인도하여 제3자가 용익하고 있는 경우」에는, 여러 근거를 제시하면서, 매수인의 매도인에 대한 소유권이전등기청구권은 소멸시효로 소멸하지 않는다는 입장이다. 이러한 판례에 대하여 긍정설도 있고 부정설도 있다. 그러나, 이러한 판례와 학설에는 상당한 문제점도 있다. 따라서, 이러한 판례와 학설이 제시하는 근거들 하나하나에 대하여 심층적으로 일관성 있게 검토하여 판례의 존폐를 논할 필요성이 크다.
① 대법원 1976. 11. 6. 선고 76 다 148 전원합의체 판결에 나타난 근거에 대하여 하나하나를 빠짐 없이 깊게 검토하였다. 즉, 「매수인은 자신의 권리 위에서 잠자는 者인가?」의 문제는 매수인의 ‘목적물인도청구권과 소유권이전청구권과의 관계’와 밀접하게 관련되는 바, 이 관계와 관련하여 情致하게 검토하면 판례는 긍정되기 어렵다. 또한, 이 판례는 미등기 매수인을 매도인보다 더 보호하여야 한다고 하나, 오늘날에는 그럴 필요가 없다. 다만, 예외적으로 매수인을 보호하여야 하는 경우도 있으나, 이 경우에도 다른 방법으로 보호가 가능하다. 그리고, 부동산거래의 현실정을 근거로 하는 판례도 법리를 오해한 것이라고 생각한다. 그 뿐만 아니라, 이 판례의 별개의견은 매도인의 채무승인을 근거로 하나, 이 근거도 수긍하기 어렵다. 즉, 이 근거는 매도인의 ‘목적물인도의무와 소유권이전의무와의 관계’와 밀접하게 관련되는 바, 이 관계와 관련하여 情致하게 검토하면 판례는 긍정되기 어렵다. 심지어, 이 판례의 별개의견은 매수인의 소유권이전등기청구권은 物權的임을 근거로 하나, 이러한 청구권은 소유권취득 전에 문제되므로, 수긍하기 어렵다.
요컨대, 이 판례는 물권변동에서의 성립요건주의에 따르면 수긍되기 어렵다. 그러나, 대항요건주의를 취하는 일본에서의 판례와 다수설에 의하면, 매수인의 점유 여부와는 관계 없이 소멸시효로 소멸하지 않는다. 그러나, 일본의 소수설에 의하면, 매수인이 점유하는 경우에는 소멸시효로 소멸하지 않는다.
② 대법원 1999. 3. 18. 선고 98 다 32175 전원합의체 판결의 다수의견과 반대의견 및 보충의견에 나타난 근거에 대하여 자세하게 검토하였다. 즉, 이 다수의견은 “부동산을 용익하는 매수인이 …… 그 부동산에 대한 적극적인 권리행사의 일환으로 다른 사람에게 그 부동산을 처분하고 그 점유를 승계하여 준 경우에도 이 이전등기의 행사 여부에 관하여 그가 그 부동산을 스스로 계속 사용․수익만 하고 있는 경우와 특별히 다를 바 없으므로”라고 한다. 검토하건대, 성립요건주의에서는 매수인은 소유권을 가지지 않고 채권을 가지므로 그 부동산을 처분할 수 있는 적극적인 권리행사를 할 수 없다고 할 것이다. 그러나, 대항요건주의에서는 이 다수의견은 긍정될 수 있다. 또한, 이 판례에서의 반대의견은 위 대법원 1976. 11. 6. 선고 76 다 148 전원합의체 판결을 수용하면서 전개되므로, 수긍하기 어렵다. 이 반대의견의 그 밖의 주장도 타당성이 갖기 어렵다고 생각한다. 그리고, 이 판례에서의 보충의견은 목적물인도청구권이 소유권이전채권에 포함된다는 前提에서 전개된다. 검토하건대, 이러한 전제에 의하면, 매수인이 매매목적인 부동산을 제3자에게 처분하여 용익케 한 경우에 매수인의 매도인에 대한 이전등기청구권은 소멸시효로 소멸한다고 하는 것이 타당하다. 또한 이 보충의견의 그 밖의 주장도 타당성이 없다고 생각한다.
③ 이러한 판례가 타당하다는 說{法的 安定性說, 소멸시효남용설(신뢰를 기초로 하는 견해, 객관적 이익형량을 기초로 하는 견해), 사회통념설, 복합적 근거설}에서의 근거들도 수긍하기 어렵다. 그리고, 판례가 부당하다는 기존의 說의 근거들도 상당한 문제점을 지니고 있는 바, 특히 청구권불행사설은 매수인의 「목적물인도의무와 소유권이전의무와의 관계」에 관하여 일관성 없으므로, 문제가 있다.
④ 요컨대, 매수인의 소유권이전등기청구권의 소멸시효는, 「매수인의 용익 여부」나 「매수인으로부터 인도받은 제3자의 용익 여부」와는 관계 없이, 매수인이 그 청구권을 행사할 수 있는 때부터 진행한다고 하여야 한다. 특히 목적물인도청구권과 소유권이전청구권은 각각이 하나의 채권이라는 견지에서 보면, 더욱 그러하다.